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1954年7月，公司前身“中國醫藥公司常州市公司”正式成立。后更名為江蘇省常州醫藥藥材公司，即江蘇省醫藥公司常州采購供應站。
1993年11月，經江蘇省經濟體制改革委員會批準，在原江蘇省常州醫藥藥材公司的基礎上進行整體改制設立定向募集股份有限公司——常州藥業股份有限公司。
1994年2月，公司兼并國有企業常州健民制藥廠。
1997年9月，公司兼并國有企業常州制藥廠。
2000年7月，上海實業醫藥投資股份有限公司通過收購常州藥業的2310萬股法人股，持股42%。
2002年，上海實業醫藥投資股份有限公司通過配股1848萬股增資6190.8萬元，持股55.75%，成為控股股東。
2005年7月，公司在原有5個批發分公司的基礎上，組建常州藥業股份有限公司醫藥藥材分公司。
2010年3月，上海實業醫藥投資股份有限公司因重大資產重組被上海醫藥集團股份有限公司吸收合并，公司控股股東變更為上海醫藥集團股份有限公司。
2010年11月，上海醫藥集團股份有限公司下屬的控股公司——上海實業聯合集團藥業有限公司以其所持有的赤峰科元投資發展有限公司51%股權對公司增資擴股，并成為公司的新股東。
2012年，公司下屬常州制藥廠有限公司投資1.5億元，在江蘇如東經濟開發區新建原料藥生產基地—南通常佑藥業科技有限公司。
2012年，公司下屬常州制藥廠有限公司收購常州武新制藥有限公司，確保了重點制劑品種“常絳”主要原料硫酸雙肼屈嗪的正常供應。
2013年7月，公司完成內部職工股和社會法人股股權收購工作，解決了公司股權過于分散的問題，股東數由1459家減少為168家，上海醫藥集團股份有限公司直接（或間接）持有常州藥業股權比例上升至75.89%。
2015年4月20日， “常州藥業股份有限公司”正式更名為“上藥集團常州藥業股份有限公司”。
2015年7月1日，常州藥業股份有限公司醫藥藥材分公司、常州藥業股份有限公司資產管理分公司整體并入上藥集團常州藥業股份有限公司。
2016年10月1日，總投資1.8億元的常州藥業醫藥物流中心一期項目順利竣工并投入使用。
2016年12月，公司下屬赤峰艾克制藥科技股份有限公司、赤峰蒙欣藥業有限公司通過實施“退城進園”項目，整體遷入新廠，并且兩年內完成了老廠區土地變現工作。 2017年12月，公司下屬常州制藥廠有限公司制劑國際化取得歷史性突破，瑞舒伐他汀鈣片成功銷往美國市場。
2018年7月，公司下屬常州制藥廠有限公司卡托普利片（25mg）業內率先通過仿制藥質量和療效一致性評價。
2018年12月，總投資1.5億元的南通常佑藥業二期工程竣工投入使用，基本消除了常州制藥廠有限公司特色原料藥的產能瓶頸。
2019年3月，“常藥”商標被國家工商行政管理總局商標局認定為“中國馳名商標”。
2019年7月，常州藥業物流中心二期項目投入運營，庫區新增了立體庫和自動化分揀線，倉儲和配送能力常州領先。
2019年10月，公司競得常州市天寧區鳳凰公園西側商業地塊（約43畝），并成立上藥東建房地產有限公司，啟動上藥常藥和常藥廠（聯合）經營管理大樓的建設。
2020年9月，公司下屬常州制藥廠生產的瑞舒伐他汀鈣片獲得國家藥監局（NMPA）批準上市，順利實現“國內國外雙市場、原料藥和制劑垂直一體化”的大滿貫布局。
2021年3月18日，上藥常藥商務中心項目（上藥常藥大廈）舉行開工奠基儀式。
2022年7月10日，上藥常藥商務中心項目舉行主樓封頂儀式。
2022年12月，公司下屬常州制藥廠、蒙欣藥業生產的抗疫藥品積極保供上海、常州，彰顯國企責任擔當。
2023年12月24日，上藥常藥商務中心項目（上藥常藥大廈）順利竣工投入使用。
